Also ohne jetzt im Schaltplan nachzugucken würde ich auf eine externe Erweiterung tippen, die nicht dabei war. Der Stecker sieht aus wie eine Art Jumper, der feste "Voreinstellungen" anstelle der externen Erweiterung vorgibt, oder einfach nur als Staubschutz dient.
Eine der Leitungen geht z.B. auf den Monitor-Ausgang, ich meine auf den Pin zur Monitor-Erkennung/Umschaltung (Schwarzweiß oder Farbmonitor) ... oder Audio-Out.
Eine weitere führt zu einem der beiden ACIA-Chips, die Tastatur-, Maus-, bzw. MIDI-Signale verarbeiten. Vielleicht um ein externes Gerät zu synchronisieren, oder den Atari von extern zu triggern?
Zwei weitere Leitungen stecken zwischen Shifter-Bereich und HF-Modulator. Eventuell wird hier das Composite-Sync-Signal (beim STFM ein FBAS-Signal mit Farbinformationen) für eine externe Anzeige abgegriffen.
Und dann weitere Leitungen zu praktisch allen wichtigen Chips. Eine externe Überwachung oder gar Taktgeber?
Okay, ja, ich spekuliere nur. Um es genau herauszubekommen, müsste man den Schaltplan studieren. Schneller geht es, wenn du den Vorbesitzer fragst.

Zwei der größeren ICs (DMA und Sound?) scheinen gesockelt zu sein, was sie im Standard meines Wissens bei dieser Revision nicht sind. Jedenfalls nicht beide. Also auch hier könnten Modifikationen oder Reparaturen vorgenommen worden sein.