Checkdisk macht er wenn du MiNT nich ordentlich runter fährst und den Rechner einfach aus schaltest oder sich der Rechner aufhängt und dann neu gestarte werden muß. Die entsprechende Zeile ist hier mal Auskommentiert damit Du erst mal dein System ohne das ständige checking testen kannst. Der c:/xaaes Eintrag habe ich hier auch mal gelöscht.
Deine Fehler mit Command not found müssten mal notiert werden. Hier fehlen evtl. noch ein paar Dateien im bin oder sbin Ordner oder die Umgebungsvariable stimmt nicht ganz mit deinem System überein so das MiNT die Dateien nicht findet.
# MINT.CNF erstellt von EasyMiNT Installer am 13.07.2014 um 01:51:16
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SLICES=2
NEWFATFS=A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,V,W,X,Y,Z
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# filesystem cache (kb)
# more memory increases the filesystem speed
CACHE=512
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# enable VFAT (long names) for this drives
# (can be changed in runtime by FSetter too)
# VFAT=D,E
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# enable write protection for this drives
# (can be changed in runtime by FSetter too)
# WRITEPROTECT=
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# completly remove drive B:
# HIDE_B=Y
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# Links zu EasyMiNT
sln d:\bin u:\bin
sln d:\lib u:\lib
sln d:\etc u:\etc
sln d:\home u:\home
sln d:\usr u:\usr
sln d:\tmp u:\tmp
sln d:\var u:\var
sln d:\sbin u:\sbin
sln d:\root u:\root
sln d:\opt u:\opt
sln d:\mnt u:\mnt
sln d:\boot u:\boot
echo
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# Environment
setenv PCONVERT PATH,HOME,SHELL
setenv UNIXMODE /brUs
setenv PATH u:\bin,u:\usr\bin,u:\usr\sbin,u:\sbin,u:\boot\mint\bin
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# Autostartprogramme
# Filesystemcheck (mandatory)
# exec u:\c\mint\bin\sh u:\c\mint\bin\fscheck.sh
# fscheck nun durch die Raute auskommentiert und wird nicht mehr ausgeführt!
echo
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# Timezone (mandatory)
exec u:\sbin\tzinit -l
echo
#
# Additional tools
# Draconis to MiNT-Net gateway
# exec u:\usr\sbin\mgw
# echo
# Gluestik - STiK/STiNG to MiNT-Net gateway
# exec u:\usr\sbin\gluestik
# echo
cd u:\
INIT=u:\sbin\init
echo Setup complete, now booting system...
echo