Ich habe jetzt gemacht, was ich Dir schon vorgeschlagen hatte: die Vergleichsmessung an einem funktionierenden 1040STE mit TOS 2.06. Wie bereits geschrieben, muss das /RESET-Signal noch einmal "low" werden, während die CPU die RESET-Instruktion am Beginn der TOS-ROMs ausführt.
Wir können also aus Deinem Trace folgern -- dort wird /RESET offensichtlich nicht noch einmal "low" -- dass die CPU nicht die korrekten Instruktionen ausführt. Alles danach sind Folgefehler. Wäre es mein Mainboard, würde ich mich darauf konzentrieren, herauszufinden, warum die CPU nicht die korrekten Instruktionen ausführt.