Die Unterscheidung zwischen DOS-basiertem und NT basiertem Windows ist mir durchaus bewusst, ich habe da alle Höhen und Tiefen mithemacht. Doch auch schon bei Win 9x war es möglich, dieses in eine (damals noch genannt Netzwerk-)Domäne aufzunehmen, allerdings nicht mehrere getrennte Benutzer parallel auf einem PC. Du hast oben eine Unterscheidung nach Netzwerk- und nicht Netzwerk gemacht, und die gibt es nicht wirklich, weder bei den DOS-basierten noch bei den NT basierten Linien von Windows. Beide können grundsätzlich netzwerken (DOS basiert erst richtig seit 3.11).
Das benannte Shutdown-Programm schein innerhalb der Atari-Emulation zu laufen? Das sollte dann prinzipiell nichts mit Netztwerk oder DOS/NT zu tun haben, sondern mit irgendeiner anderen Eigenheit früher Windows-Versionen, die nur zu klären wäre, wenn man die Emulation mal unter NT 3.51** (das war das erste brauchbare NT, noch mit Win 3.11 Oberfläche), NT4** (optisch die "Profiversion" von Win 95), oder Win 2000 testen würde. Letztendlich aber viel (zu viel) Aufwand dafür, dass es ein anderes Shutdown-Programm tut.
**viel Spaß beimm Installieren und komplett durchpatchen, inklusive Y2K...