Womit wir hier wieder in die "Initialisieren" versus "Low Level Formatieren" Diskussion rein kommen. Da muss man sehr genau differenzieren. "Formatieren" kann auch "Initialisieren" bedeuten, der Partition ein Format, also eine Dateistruktur verpassen.
Das "Low Level Formatieren" braucht man nur bei Disketten und MFM/RLL-Festplatten, die bis auf die höhere Kapazität kaum was anderes sind als nicht wechselbare Disketten. "Low Level" sind nämlich die grundlegenden Strukturen um eine Spur in Sektoren einzuteilen, in denen dann alles weiere passiert. Bei modernernen Platten (SCSI, IDE, SAS, FC und natürlioch auch die Flash-Varianten) braucht (bzw. darf!) man das nicht zu machen, weil die schon vom Hersteller bzw. der eigenen Firmware unabänderbar lowlevel-formatiert wurden.
Das "Formatieren" was Shodan meinte, ist sicherlich das, was beim PC (MS-DOS und Co) auch formatieren (a:\> format c:) bedeutet, sprich in eine definierte Partition (fdisk) ein Dateisystem anzulegen. Je nach Plattentreiber macht das der Atari beim Partitionieren automatisch selbst, oder man muss es manuell anstoßen, oder man kann es separat auslösen um eine fehlerhafte Partition neu zu formatieren/initialisieren (bei HDDRIVER heißt es im HDRUTIL tatsächlich "initialisieren", ist aber das selbe wie der FORMAT-Befehl in MS-DOS der ja bei Festplatten auch keine Low-Level-Formatierung durchführt (damit wären nämlich die Partitonsmarkierungen auch weg) oder Rechtsklick in Windows Dateiexplorer auf eine Partition, Kontextmenü, dort steht auch "Formatieren...", sogar in der 10er Version.
Also Shodan, ich denke, du solltest mal die Dialogbox von HDDRIVER hier zeigen, wo du partitionierst, da kann man TOS, TOS/Windows-Kompatibel, mit und ohne Byteswap einstellen, zeig uns mal was du da eingestellt hast. Lass Byteswap auf jeden Fall aus und probiere es erstmal rein TOS-kompatibel und beachte die maximalen Partitionsgrößen bei bestimmten TOS-Versionen, ich meine bei 1.62 ist es wie bei 2.06 maximal 512 MB pro Partition (bleib lieber etwas drunter!). Außerdem schaue, ob der Schreibschutzschalter an der SD-Karte überhaupt ein Schreiben zulässt. Außerdem bitte - sofern vorhanden - andere, kleinere SD-Karten testen.