Ich würde an Deiner Stelle die CPU lassen, wo sie ist. Sie sitzt doch gut so und wenn sie funktioniert, umso besser.
Stattdessen würde ich den DIL64 Sockel oben drauf richtig anlöten oder diesen Entfernen (das ist hier ja nun episch beschrieben) und einen neuen Sockel drauf löten. Der Vorteil ist, Du kannst jede der 64 Lötverbindungen ganz einfach durchpiepen und auch auf Kurzschluss zu den Nachbarpins testen.
Für diese Aktion sollte die Plastik des Megabusses tatsächlich gegen Hitze vom Lötkolben geschützt werden. Man ist ziemlich schnell dran und hat dann unschöne, aber letztlich die Funktion nicht beeinträchtigende Schmelzstellen. Geht mir auch manchmal so. Es gibt sicherlich schönere Arbeiten am MegaST, aber glaube mir, es ist machbar.
Vorteil: wenn es nicht klappt mit dem oben drauf gelöteten Sockel, dann wieder abmachen und nochmal versuchen. Das ist allemal besser, als abgerissene Leiterbahnen und Durchkontaktierungen (!) auf dem Mainboard zu flicken.
Sofern Du Dich vom Entlöten der CPU nicht abbringen lassen solltest: nimm diese CPU lieber nicht mehr. Du kannst noch so sauber arbeiten - es werden immer Reste vom Zinn an den Pins sein. Diese sind dann uneben und meist nicht gerade. Damit versaust Du Dir unnötig die Sockel in den Erweiterungen. Nimm lieber eine neue, fabrikfrische 68000er CPU und jungfräulichen Pins.