Okay, die Herausforderung ist dann also, ein Image-Programm für den ST zu finden, das korrekt 40 Spuren schreibt. Bei einem 360-kB-Diskimage werden die meisten Programme vermutlich von dem (auf dem Atari üblichen) Format "80 Spuren, einseitig" ausgehen, statt von "40 Spuren, doppelseitig", was für den PC nötig wäre.
Ich weiß, dass FastCopy
Pro auch Disk-Images in ungewöhnlichen Formaten schreiben kann, Option "Image Copy". Dazu müssen die Images allerdings in dessen Dateiformat .DIM sein. (Der Header in der .DIM-Datei gibt dann z.B. an, dass es sich um ein Image einer doppelseitigen Diskette mit 40 Spuren handelt.) Die "HxCFloppyEmulator software" (gibt es für Windows und macOS:
https://hxc2001.com/download/floppy_drive_emulator/) wiederum kann Disk-Images u.a. in FastCopys .DIM-Format umwandeln.
Das ist zugegeben ein mehrstufiger Weg, aber Du wirst ja nicht täglich eine neue MSDOS-Boot-Diskette erstellen müssen.