Twisted-IDE ist ja das Vertauschen des oberen und unteren Bytes im Datenkabel. Der Nachteil ist, dass das auch bei Kommandos (und nicht nur bei Daten) die Bytes swappt. Daher funktioniert ein solches Kabel nur mit EmuTOS oder pperas Spezialtreiber, aber nicht z.B. mit HDDRIVER. Smartswap (wie auf der Platine oder der Thunder) erkennt, ob es sich auf dem IDE-Bus um Daten handelt, die vom Medium gelesen bzw. aufs Medium geschrieben werden und swappt nur dann die Datenbytes.
Die Logik dafür ist von mir in einem CPLD von Xilinx implementiert. Solche Bausteine kommen auch in Thunder, Storm und Lightning VME zum Einsatz.