Ubuntu hat Hatari 2.1.0 in den Repositories. Seit dem Release gab es aber etliche Fehlerkorrekturen, deshalb habe ich mir auch eine aktuellere Version selbst gebaut.
Mit der libsdl2-dev, die Ubuntu mitbringt, ging das bei mir auf Anhieb fehlerfrei und reibungslos, so dass ich hier leider nicht helfen kann. Ausser mit der Empfehlung, die Meldungen beim Compilieren nochmal genau anzugucken. Deine Symptome klingen ein wenig danach, als ob die händisch installierte libSDL2 nicht gefunden wurde.
P.S.: Bitte nicht auf 1ST1 hören, was er vorschlägt, macht man bei Linux nur, wenn man sich das System zerschiessen will.