Jede Änderung einer Datei oder eines Ordners oder der FAT löst einen Schreibbefehl auf Speicherzellen aus. Du siehst hier auch eine Reihenfolge, die FAT wird am stärksten belastet.
Es kommt also auf die Anzahl der Schreibvorgänge an. Bei einer schlechten CF wäre nach 10.000 Dateieinträgen und damit verbundenen FAT-Änderungen bereits Schluß, weil die FAT kaputt wäre. Das ist aber unrealistisch, solche CF-Karten wären selbst in Digitalkameras unpraktikabel, nach 10.000 Fotos wäre Ende.
Versuche mal den Inhalt der CF zu reparieren (evtl. helfen da unter Windows bekannte Speicherkarten-Rett-Programme weiter, die kennen das FAT Dateisystem schließlich auch, könnten aber über die Partitionierung oder den Byteswap stolpern). Oder neu formatieren und versuchen, das Laufwerk so wieder herzustellen. Vielleicht war es gar kein CF-Fehler sondern was anderes.