Die beschriebenen Probleme hatte ich auch mit Megadrive Pads. Dein Joystickport ist vermutlich nicht kaputt.
Eventuell hilft ein Adapterstück, bei dem nur GND, die 4 Richtungen und der Feuerkopf durchgeschaltet werden. Keine 5V etc
Dann hat man zwar kein Autofeuer, aber alles was halbwegs kompatibel ist, sollte dann trotzdem funktionieren.
Evtl. auch 7800er Pads und Joysticks ohne Umlöten....