Hotplug _ist_ ein "Hardware-Ding". Ist bei SD-Karten, USB und CompactFlash aber schon sozusagen serienmäßig eingebaut.
Wer sich eine SD-Karte mal ganz genau anschaut, wird feststellen, daß die Pins 3 und 4 ein wenig länger sind als die anderen. Das stellt sicher, daß beim Ein- und Ausstecken die Stromversorgung als erstes bzw. als letztes verbunden bzw. unterbrochen wird. Eine Grundvoraussetzung für Hotplug-Fähigkeit (dasselbe Prinzip findet man auch bei USB-Steckern _und_ bei der CompactFlash Karte). Die Software muß natürlich auch mitspielen. Mit EmuTOS tut sie das.
Ansonsten sind die Speichermedien (fast) gleichwertig. Eine CompactFlash-Karte kann zwar nominell höhere Übertragungsgeschwindigkeiten (weil sie ein IDE-Interface hat, das prinzipiell UDMA und damit bis zu 60 MB/s Transferrate erlauben würde), leider aber nicht in der Firebee. USB hängt direkt am PCI-Bus (und ist damit auf einen 33 MHz Bus festgenagelt), CompactFlash und SD könnte zwar am FPGA schneller, aber wenn die Daten über den Flexbus ins FastRAM sollen, müssen sie wieder über einen 32 MHz Bus.
Die SD-Karte hat in der Firebee einen wesentlichen Vorteil. Weil sie direkt vom Coldfire-Prozessor angesprochen werden kann (und keine "FPGA-Hilfe" braucht), funktioniert sie bereits direkt nach dem Einschalten, wenn das FPGA (in dem die Hardware für das CompactFlash und IDE-Interface steckt) noch gar nicht konfiguriert ist. Das bietet sich zum Flashen geradezu an (und ist in BaS_gcc auch so vorgesehen, bloß noch nicht fertig).