Du solltest dir vor allem angewöhnen, dass das zu entwickelnde Programm nicht nur auf einem 4 MB STE lauffähig ist, sondern auf allen TOS-Computern. Das Wichtigste ist da "saubere" Programmierung, also die Hardware nicht am Betriebssystem vorbei direkt ansprechen, in dem z.B. Pixel direkt in den Bildspeicher geschrieben werden, statt dessen z.B. besser die VDI-Routinen verwenden. Die Programmiersprache ist dann eigentlich weitestgehend egal, sofern sie die benötigten Funktionen beinhaltet oder man sie selbst implementieren kann.
Neben Pure Pascal/C könnte man noch ST-Pascal+ und Sozobon-C nennen. Letzteres ist kostenlos (Freeware oder Public Domain).
Auf jeden Fall abraten würde ich von der Verwendung von ST-Basic und ST-Logo ... (auch wenn diese beiden Sprachen direkt von ATARI den ersten STs mitgeliefert wurden.)