Hab es heraus gefunden... Die hatari.cfg die im Userverzeichnis C:\Users\Userfolder\.hatari von Windows steckt enthält am Ende einen Abschnitt für die Videoaufzeichnungen. In meinem Fall war der Pfad in AviRecordFile= noch von einer uralten Hatari-Installation dessen Verzeichnis nicht mehr bestand. Nach der Anpassung funktioniert es nun wie erwartet.
[Video]
AviRecordVcodec = 2
AviRecordFps = 0
AviRecordFile = E:\tmp\hatari.avi