Ein lokal installiertes Gparted tuts auch und muss nicht live gebootet werden. Wird die CF-Karte von der Biene erkannt? Hast du darauf geachtet dass die Partitionstabelle auf "msdos" steht? Hast du evtl. mehr als 4 Partitionen? Das "Boot" Flag konntest du setzen? Auf der Firebeeseite oben, beim Abschnitt "Zusätzliche Infos" hast du den Punkt "Bootlaufwerk nicht gefunden:" gelesen?