Wenn Du schreibst:
"Daten auf Diskette eventuell defekt!"
dann geht ich mal davon aus, daß wirklich die Daten auf der Diskette defekt sind. Das lässt sich meist relativ einfach testen: z.B. die Diskette mal kopieren oder mit FCopy3 einlesen (läuft Fcopy3 auf dem MegaSTE?) Dann werden defekte Sektoren schon gemeldet.
Selbst wenn alle Sektoren lesbar sind, könnte noch die Struktur des Dateisystems fehlerhaft sein - sowas passiert aber nur selten (z.B. Diskette während dem Zugriff rausgenommen, Diskettenwechsel nicht erkannt, GEMDOS Buffer von fehlerhaften Programmen zerstört, o.ä.).
Der Mega STE läuft mit 16 Mhz und hat teilweise andere Hardware als der Original-ST. Es gibt "schlecht programmierte" Anwendungen, die nicht mit den Betriebsystem-Schnittstellen arbeiten, sondern direkt auf die Hardware zugreifen. Wenn solche Anwendungen sich einfach darauf verlassen, daß das Programm immer auf Original-ST-Hardware läuft, dann gibt es Fehler, wenn es auf anderer Hardware läuft.
Wenn ein Programm Probleme mit dem Zugriff auf die Diskette hat (und die Diskette ansonsten in Ordnung ist), dann ist die Wahrscheinlichkeit sehr hoch, daß das Programm direkt den Floppy-Controller programmiert und mit dem neuen Floppy-Controller des STE nicht zurecht kommt. Das müsste dann der Hersteller des Programmes anpassen...
Gruß
Sonix