Auf den Ataris benutze ich die Kobold-Tools, namentlich TreeChk und Correct. Letzteres funzt leider nur mit FAT16 (wäre sehr schön, wenn´s da noch mal ein Update gäbe, wenigstens auf FAT32, dito für Kobold).
Zuerst mit Correct eine Part. prüfen & ggf. reparieren, dann mit Tree-Check die Dateien in zwei Dir.-Bäumen vergleichen. Die resultierende Liste muß dann ´von Hand´ abgearbeotet werden, ist immer noch mühsame Arbeit genug...