Sehr interessant. Ich gehe davon aus, Kreuztest mit allen anderen wichtigen Bauteilen (MMU, CPU, Shifter) hast Du auch bereits gemacht? Außer MMU und vielleicht CPU dürfte eigentlich kein anderes Bauteil diesen Fehler verursachen, aber nun gut.
Was mir noch einfällt... ich hatte vor Jahren mal einen störrischen ST, bei dem (aus dem Gedächtnis... das mag ich vertauschen) die ganzen Original Megafile HDD nicht liefen, aber zwei Fremdfabrikate. Nach längerem Suchen war der Filter Schuld, der direkt vor dem ACSI Ausgang in der RESET Leitung hing. Zum Board hin war alles gut, aber zum ACSI war dieser "intern" mit Masse kurzgeschlossen. Das hat den MF Controller im Dauer-Reset gehalten, andere SCSI Adapter werten RESET entweder nicht aus oder steuern damit einen Monovibrator bzw. Register im GAL an, sprich, es wird nur ein Flankenwechsel beachtet, dauerhaft Low schadet nicht.
Wenn also die großen Chips ausgeschlossen sind, mußt Du auf den Kleinkram achten...