Ich vermute, der Denkfehler ist wie folgt: MiNT besorgt sich sein Alt-RAM ja von TOS, via Mxalloc. Wenn Du also aus dem AUTO-Ordner -- und damit, nach der Initialisierung von GEMDOS -- etwas an ramtop änderst, wird MiNT trotzdem von GEMDOS noch den Speicherbereich oberhalb von 256 MB angeboten bekommen. Beim Zugriff darauf kommt's dann zum Absturz.
PS: Außerdem sollte Dein Programm volatile auf die Variable zugreifen, sonst könnte der C-Compiler den Zugriff glatt wegoptimieren. (Geschriebener Wert wird nie gelesen.)