Das Problem ist, dass ein Mega ST eine Adressdekodierung für 192 kB TOS ROMs hat, das heißt TOS 1.0x. TOS 2.0x ist wie du sicherlich gemerkt hast, 256 kB groß. Das passt ohne weiteres nicht zusammen, da muss die Adress-Dekodierung für TOS etwas verändert werden. Dafür gab es früher sogenannte TOS-Cards, die man in die STs einbaute, da war alles nötige drauf. Entweder nach Alt-Teilen z.B. in der Bucht suchen, oder nach modernen Alternativen suchen, MonSTer zum Beispiel, das hat u.a. Flash-ROM, in das du umschaltbar 4 TOS Version rein schreiben kannst.
Übrigens braucht ein Mega ST wegen dem Blitter mindestens TOS 1.02.
Bei TOS 1.0x musst du auch aufpassen, die ST und Mega ST Platinen haben Jumper für ROM-Größe, man kann sie wahlweise mit 6x 32kB ROMs oder 2x 128kB (E)ROMs bestücken, dazu gibts in der Nähe der ROM-Sockel drei Lötbrücken, die man zwischen 256K und 1M umlöten muss. Aber selbst in der 1M Position läuft TOS 2.06 nicht ohne weitere Anpassungen.