Ataris können sich nicht ausschalten, das können nur PCs (und Macs), die hier dem ATX-Standard folgen, den gibts erst seit etwa 1995. (Das erste Betriebssystem, was den PC beim runterfahren ausschalten konnte,war in der Tat Windows 95 und WIndows NT 4 (ab bestimmter Update-Version). Linux konnte das auch recht schnell. Aber MS-DOS, TOS, MiNT nicht.
Solange dein Atari nicht unter MiNT, Debian, NetBSD läuft, kannst du ihn fast jederzeit gefahrlos einfach ausschalten. Du solltest es halt nur vermeiden, während er (schreibend!) auf die Platte zugreift. Anhand der Aktivitäts-LED der Platte kann man lesen/schreiben nicht unterscheiden, also besser warten, bis die LED einen Moment aus ist.