Mit dem EmuTOS aus der CVS v. 1.2.2013 und aranym, merkt sich aranym seine Fensterposition nicht zum nächsten Boot. Das war mit dem EmuTOS_0.8.7 kein Problem.
edit: nachdem ich alles (auch freemint/xaaes) updatet habe, trat der Fehler nicht mehr auf.
Ich glaube das Geheimnis liegt darin, dass man einmal mit dem Aranym-Dialog die Einstellungen speichern muss, dann findet es auch immer wieder seine alte Position.